Situación en buscadores

Hola daber,

A efectos de posicionamiento afecta el problema de apuntar a www o sin www independientemente de si esta en /public_html o en /public_html/otra_carpeta pues si tienes apuntando un dominio a dicha carpeta los contenidos cargarán con normalidad y los robots de indexado trabajarán a partir de dicha carpeta en el indexado de tus contenidos.

Si tienes varios Joomla! instalados en un mismo Hosting, algo bastante habitual, es normal que tengas los mismos en distintas carpetas, por lo que realmente el acceso a estos diferentes Joomla! es o bien a través de subdominios que apunten a tal o cual carpeta o directamente desde dominios aparcados/apuntados a dicha carpeta responsables de cargar los contenidos.

Creo que hay otras cosas más importantes que afectan a SEO y posicionamiento que esa.

Saludos