Varios Joomla en un dominio ¿afecta a SEO?  

Buenos días:

¿Que es mejor para un proyecto web el cual va a estar subdividido en secciones por ciudades?.

1 Instalar un solo Joomla y tener todas las secciones en ese Joomla.
2 Instalar varios Jommla en subdirectorios y que quede todo organizado en carpetas, por ejemplo http://www.dominio.com/ciudad.
3 Instalar varios Joomla en subdomminios http://ciudad.dominio.com.

Mi experiencia en creación de sitios web con Joomla es nula ya que no he probado ningún CMS, siempre he creado los sitios a la manera mas tradicional html etc..., por temas de SEO no quiero tener subdominios ya que google los trata de manera independiente y quiero que toda la fuerza vaya al dominio principal, por lo tanto la estructura lógica para mi es http://www.dominio.com/ciudad, pero aquí me surge una duda, en estas subcarpetas lógicamente tengo que instalar por cada una un Joomla distinto, ¿es esto viable? ¿es aconsejable? a efectos de SEO ¿esto afecta algo a que todas estas subcarpetas no den beneficio al dominio principal al ser instalaciones distintas de Joomla?.

También he de decir que por cuestiones de estructura necesitaría que estas secciones de ciudades fueran en subcarpetas ya que los contenidos de cada ciudad quedarían ordenados en su sitio y no estarían todos los contenidos de distintas ciudades mezclados.

Gracias.