¿Problemas con Javascript?

Hola,

Debes de tener en cuenta que para actualizar de Joomla 2.5 a Joomla 3 todas las extensiones de Joomla que tengas deben ser compatibles con Joomla 3. Esto incluye componentes, módulos, plugins y la propia plantilla.

Es decir, cuando se actualizar de Joomla 2.5 a Joomla 3 las extensiones que vienen incluidas en el propio Joomla se actualizan, pero no todas aquellas que hayas añadido por tu cuenta. Tienes que revisar estas extensiones y verificar si son compatibles con Joomla 3. Para ello tendrías que verificar que la extensión cuenta con una versión compatible con Joomla 3 y actualizarla. Esto incluye a la plantilla que estás utilizando y el plugin T3.

Para el botón de Paypal entiendo que estás utilizando algún tipo de extensión. Esta también tendrías que revisarla.