Crear un producto único con varias características...

Hola, 

Desde la administración de WooCommerce como administrador puedes crear nuevas odernes y asiganrlos a los usuarios, lo que es importante es que el usuario exista con un correo para que pueda llegarle algun link de completar la compra.

El procedimiento seria:

Crear el producto

WooCommerce → Productos → Añadir nuevo

• Configura nombre, precio, etc.
• Ocultarlo para que no sea públic
• En el producto, en Publicar: Visibilidad del catálogo: elige Oculto (o “hidden”).

  Así no aparece en tienda, categorías, búsquedas, etc.

Crear el pedido manualmente

• WooCommerce → Pedidos → Añadir nuevo
• Selecciona el cliente (usuario) en el pedido
• En Añadir producto(s), buscas ese producto oculto y lo agregas
• Ajustas envío, impuestos, método de pago, etc.
• Crear / Guardar y, si quieres, envías el email de pago (según tu flujo).

Podrias probarlo de esta forma y comprobar si con ello puedes configurar la orden como necesitas. 

Un Saludo