Hola,
Es raro esto. En el pack original la paginación sale bien.
Prueba a cambiar el archivo webempresa.php que tienes en la ruta templates/gk_boutique/html/com_virtuemart/category por el que te adjunto comprimido en un zip y comprueba si así la paginación se muestra mejor.
Antes realiza una copia de seguridad del archivo original por si aparecen problemas.
¿Qué versión de Virtuemart estás utilizando?