¿Mover carpeta de public_html a un dominio , afecta base datos y usuario?

Hola,
Estoy en un proceso de migración de joomla 1.5.26 a Joomla 3.1.5 con JupogradePro. Sería la web del dominio1 en este ejemplo, ya que tengo varios dominios en la misma cuenta. La estructura de mi cuenta de hosting es:
- Cuenta
----dominio1
----dominio2
----dominio3

Creo que he cometido un error al crear la carpeta para instalar el nuevo Joomla 3.1.5 en public_html en lugar de haberla creado en public_html/dominio1.

¿Puedo mover la carpeta de public_html a public_html/dominio1? Es que ya había creado también la base de datos y el usuario con los correspondientes permisos y no se si va a afectar.

¿O es preferible crear de nuevo un directorio para el nuevo Joomla 3.1.5 en public_html/dominio1 y repetir el proceso completo (creación de base de datos y usuario, incluido)? En este último caso, ¿se puede borrar la carpeta que quedaría sin uso en public_html? A través del CPanel no veo que me permita borrar el directorio entero

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