Crear dos destinos padre diferentes en remository

Buenos días,
necesito crear varios destinos padre para que los usuarios registrados puedan subir archivos a diferentes carpetas dentro de cada tema principal.
Es decir en el caso de la web que estoy desarrollando el esquema sería el siguiente:
dentro de :
•menú usuarios registrados • gestión de proyectos,
tenemos dos carpetas:
1ªALTERACIONES MOLECULARES ...
2ª CARACTERIZACIÓN DEL PROCESO ...
y dentro de cada una de ellas tenemos 4 carpetas: Descripción, memorias, gestión y resultados.
Lo que necesito es que un usuario registrado pueda subir un archivo a P.Ej. descripción dentro de las alteraciones moleculares... que no sea visible cuando navegas por : "Caracterización..."
Espero me haya explicado bien. Adjunto pantallazos por su pueden ayudar.
Gracias
Araceli

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