Posicionamiento urls del Sitio Web no incluidas en su estructura

Hola Pedro.

Google no penaliza por las paginas en privado, simplemente no existen o no se indexan, si utilizas Yoast lo que puedes hacer es indicar que esa pagina no se indexe:

 cómo afecta al posicionamiento las páginas de mi Sitio Web que siendo públicas no están incluidas en la estructura (Menú) de mi sitio web.

Nada no afecta en nada, Google no indexa por el menu, indexa las paginas/post que tienes creadas.

Si accedes al Sitemap de tu web

-> https://psicologia-forense-madrid.es/sitemap_index.xml

Veras que tienes varios enlaces post/pages/categories

Si seleccionas por ejemplo en link de post veras que te muestra todos los enlaces de los post que tienes creados:

Esos enlaces son los que indexa google.

Tienes unos cursos de Yoast y de SEO interesantes paar comprender un poco como funciona el Seo de una web:

-> https://www.webempresa.com/university/curso-optimizacion-seo-wordpress/

-> https://www.webempresa.com/university/curso-de-yoast-seo-en-wordpress/

Un saludo