Problema impuestos Canarias, Ceuta y Melilla

Hola Emilio.

Realmente no esta cobrando el IVA, si te das cuenta el total del producto mas la suma de los portes es el total que tiene esa compra.

Esto es algo habitual cuando tienes seleccionado en los ajustes de los impuestos que se desglosen, para cambiarlo y que no se muestre ese aviso tienes que seleccionar sin impuestos en la opción Visualización del total de impuestos 

Otra opcion podria ser con código:

add_filter( 'woocommerce_cart_totals_get_total_tax', 'ocultar_impuestos_cero_carrito_canarias', 10, 1 );
function ocultar_impuestos_cero_carrito_canarias( $total_tax ) {
if ( $total_tax == 0 ) {
return 0; // ya es 0, pero fuerza a no mostrar fila si es cero
}
return $total_tax;
}

// Opcional: más agresivo, ocultar toda la fila de tax si es 0
add_action( 'woocommerce_cart_totals_after_order_total', 'eliminar_fila_impuestos_si_cero' );
function eliminar_fila_impuestos_si_cero() {
$tax_total = WC()->cart->get_taxes_total( true, true );
if ( $tax_total == 0 ) {
// Puedes añadir CSS inline o JS para ocultar, o usar remove_action en templates
echo '<style>.cart_totals .tax-rate, .cart_totals .order-total .includes_tax { display: none !important; }</style>';
}
}

Esto dejará de mostrar el desglose de los impuestos si el total de impuestos es 0

Si te decides por el código:
.- Accede a Fragmentos de Código -> añadir nuevo

.- Añade un título para tenerlo identifica y añades el código.

Revisa lo que te comento y nos dices como te fue.

Un saludo